Trường Trung học cơ sở Vĩnh Biên được thành lập từ tháng 9 năm 1999 theo Quyết định của Ủy ban nhân dân huyện Thạnh Trị về việc thành lập Trường Trung học cơ sở Vĩnh Biên. Từ năm 2014 đến tháng 6 năm 2025, trường được đổi tên thành Trường Trung học cơ sở Phường 3 theo Quyết định số 898/QĐ-UBND ngày 19 tháng 5 năm 2014 của Ủy ban nhân dân thị xã Ngã Năm. Từ tháng 7 năm 2025 đến nay, trường được đổi tên trở lại thành Trường Trung học cơ sở Vĩnh Biên theo Quyết định số 99/QĐ-UBND ngày 11 tháng 7 năm 2025 của Ủy ban nhân dân phường Mỹ Quới.

     Nhà trường hiện tọa lạc tại khu vực Vĩnh Tiền, phường Mỹ Quới, thành phố Cần Thơ. Đây là địa bàn có vị trí thuận lợi về giao thông, nằm gần các trục đường chính của địa phương, tạo điều kiện thuận lợi cho học sinh đến trường cũng như cho việc phối hợp giữa nhà trường với chính quyền và nhân dân trong công tác giáo dục.

     Năm học 2025–2026, nhà trường có 13 lớp với 507 học sinh, trong đó có 253 học sinh nữ (chiếm 49,91%) và 64 học sinh dân tộc (chiếm 12,62%). Tổng số cán bộ quản lý, giáo viên và nhân viên là 31 người, gồm 02 cán bộ quản lý, 24 giáo viên và 05 nhân viên. Cơ sở vật chất của nhà trường cơ bản đáp ứng yêu cầu tổ chức dạy học theo Chương trình giáo dục phổ thông 2018.

     Qua nhiều năm học, nhà trường luôn đạt được những kết quả ngày càng cao trong thực hiện nhiệm vụ dạy học và giáo dục tại địa phương. Thành tích đó có được nhờ sự quan tâm, chỉ đạo của Đảng uỷ, Ủy ban nhân dân phường Mỹ Quới cùng sự phối hợp chặt chẽ của Ban nhân dân các khu vực, các ban ngành, đoàn thể và Ban đại diện cha mẹ học sinh. Đội ngũ giáo viên của trường đa số có thâm niên công tác, năng động, nhiệt tình, có tinh thần trách nhiệm cao và đạt chuẩn về trình độ chuyên môn; nhiều cán bộ, giáo viên, nhân viên luôn chủ động tự học, tự rèn để nâng cao năng lực. Bộ máy nhà trường thường xuyên được củng cố, kiện toàn, nội bộ đoàn kết, các tổ chuyên môn hoạt động nền nếp, hiệu quả. Học sinh của trường phần lớn chăm ngoan, tích cực học tập, hăng hái tham gia các phong trào và hoạt động xã hội tại địa phương, góp phần xây dựng uy tín và truyền thống tốt đẹp của nhà trường.